سی‌و نه سال پیش در ۱۴ می پاپ ژان پل دوم در میدان مرکزی واتیکان مورد سوقصد قرار گرفت و اقدام به ترور وی شد؛ رسانه‌های تبشیری پروتستان نقش داشتن امام در این مورد را همچنان ادعاهای اثبات نشده‌ی خود را تکرار می‌کنند در حالی که خود واتیکان تکذیب می کند.
ردنا (ادیان نیوز) – ضارب محمدعلی آجا تبعه‌ی ترکیه‌ای بود که سابقه‌ی قتل یک روزنامه نگار ترکی را در پرونده‌ی خود داشت و گروهی معتقد هستند برنامه‌ی خود را تحت رهبری سرویس‌های بلوک شرق که نظام کمونیستی را برگزیده بودند انجام داده چرا که پاپ لهستانی فعالیت‌های ضد کمونیستی هم داشت.
پاپ دو سال بعد در یک ملاقات او را بخشید گرچه مجازات زندان برای او برپا بود. اما او در کتابی که در سال ۲۰۱۰ منتشر کرد فرمان دهنده‌ی این ترور را امام خمینی(ره) معرفی کرد!! همچنین ادعا کرد این مطلب را در ملاقاتش به پاپ گفته!!
در پی این ادعا تا کنون خوراک خوبی برای رسانه‌های تبشیری و اپوزوسیون محیا شده و بعضا این ادعا را تکرار می کند.
اما علاوه بر تکذیب رسمی این ادعا توسط سخنگوی وقت واتیکان کاردینال لومبارد، شاهد عینی ملاقات پاپ و آجان اینکه او در سلول خود این مطلب را به پاپ گفته باشد را رد کرد بیان نمود چنین مطلبی هرگز به پاپ گفته نشده.
جان حتی در مصاحبه‌ایی دیگر گفته بود فرمان ترور را از داخل واتیکان گرفته! و مستقیما توسط کاردینال آگوستینو کازارولی صادر شده بود! (همین تعارض ادعاها دلیل کذب است)
روابط ایران و واتیکان همیشه در بالاترین سطح بوده و جای سوال است که اگر این ادعای آجان درست باشد چگونه چنین توطئه‌ی مهمی کوچکترین تاثیر در روابط سیاسی_فرهنگی این دو کشور نداشته؟
اینجا باید مثل «کاسه‌ی داغ‌تر از آش» را برای آن دسته از رسانه‌های تبشیری پروتستان و اپوزوسیون به کار برد زیرا خود واتیکان تکذیب می‌کند نقش داشتن امام را، اما اینان همچنان ادعاهای اثبات نشده‌ی خود را تکرار می‌کنند.