به گفته بسیاری از افراد نزدیک به آیت الله بهجت(ره)، ایشان در طول حیات خود با مقام معظم رهبری ارتباطی دوستانه و گاه جلسات خصوصی با ایشان داشت.
پایگاه خبری ردنا (ادیان نیوز) – درباره نحوه ارتباط آیت الله بهجت (ره) با مقام معظم رهبری خاطرات و مطالب زیادی نقل شده است. به عنوان مثال آیت الله صدیقی تعریف کرده است که یک بار آیت الله بهجت (ره) خطری را نسبت به انقلاب پیشبینی کرده بود و به مقام معظم رهبری پیغام داده و توصیه کرده بودند که صدقه و دعاهای خاص را انجام بدهند و تأکید داشتند که هرچه در این رابطه از من ساخته بود، انجام دادهام.
در جای دیگری هم آیت الله صدیقی تعریف کرده است که آیت الله بهجت (ره) گفته بودند در عالم خواب دیدم که حضرت امام زمان عجل الله تعالی فرجه الشریف در مجلسی حاضر است و علمای بزرگ اسلام هم در خدمت ایشان هستند. همان موقع آیت الله خامنهای وارد شدند و امام زمان ارواحنا له الفداه در برابر ایشان تمام قد بلند شده و جایی برای نشستن باز کردند.
حجتالاسلام علی بهجت، فرزند آیت الله بهجت، هم به این موضوع اشاره کرده است که آیت الله بهجت پیوند دائمی با مقام معظم رهبری داشت و به ایشان در هر پستی و مسئولیتی که میگرفتند نامهای میدادند. ولی وقتی ایشان به رهبری رسیدند، نامهای از سوی آیت الله بهجت دریافت نکرده بودند، ماجرا این بود که آیت الله بهجت در همان موقع نامهای نوشته بودند ولی این بار خودشان به بیرون رفته بودند و نامه را در صندوق پستی سر کوچه انداخته بودند. از قضا این صندوق پستی یک مدتی بررسی نشده و به همین دلیل نامه ایشان به دست مقام معظم رهبری نرسیده بود. به همین دلیل آیت الله خامنهای وقتی به مقام رهبری رسیدند، پیش ابوی آمدند و از آقا مدد خواستند. این روابط بدون سروصدا طی این سالها ادامه داشت.
آیت الله محفوظی هم که مسئولیت دفتر آیت الله بهجت را بر عهده داشت، در این باره تعریف کرده است که مقام معظم رهبری به ایشان علاقهمند بودند. رهبر انقلاب گاهی در آن منزل سابقشان و با آیت الله بهجت مینشستند و صحبت میکردند و دیداری داشتند، نه یک بار نه دو بار.
آیت الله بهجت حفظ نظام را لازم میدانست و میفرمود که مقررات نظام را باید رعایت کرد.